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一、怎么从粪便中提取肠道菌
1、收集约200-220mg粪便到一个2ml离心管,置冰上。
如果是冰冻的标本,加入缓冲液ASL前不能解冻,否则DNA容易降解。
2、加1.4ml 缓冲液ASL,连续涡旋振荡1分钟或者直到完全混匀均一。注意完全涡旋混匀,否则会严重降低产量。
3、将重悬物70℃温育5分钟。
该加热步骤可以提高3-5倍DNA产量,并且帮助裂解细菌和寄生虫。对于某些难裂解的细胞(如革兰氏阳性菌)可以提高到95℃。
4、涡旋振荡秒,温放置1分钟。更高速离心1分钟沉淀粪便颗粒。
5、转移900μl上清到一个1.5ml离心管,加入100μl杂质清除剂AB,立刻涡旋振荡1分钟或者直到完全混匀均一,温放置1分钟。更高速离心3分钟去除杂质。
6、转移所有上清到一个1.5ml离心管,更高速离心3分钟。
7、转移210μl上清到一个1.5ml离心管,加入20μl蛋白酶K (20mg/ml)溶液,充分混匀,加入200μl结合液CB,涡旋振荡秒,充分混匀。70℃温育10分钟。
如果产量偏低,可以转移更多的上清,并且相应的按比例提高蛋白酶K和结合液的和后面的异丙醇使用量。
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